48 kelayakan (45 peserta secara langsung ditambah 3 pemenang pusingan pertama) telah berpecah kepada 12 kumpulan 4 dalam cabutan yang diadakan di Durban, Afrika Selatan pada 25 November 2007. Pasukan dalam setiap kumpulan memainkan pusingan kumpulan tempat sendiri dan tempat lawan pada tahun 2008, dengan 12 pemenang kumpulan dan 8 naib juara terbaik mara ke pusingan ketiga. Tidak semua kumpulan yang sama besar selepas pengecualian Habsyah dan penarikan diri Eritrea, apabila melihat kedudukan naib juara, keputusan mereka menentang pasukan tempat ke-4 yang diletakkan kumpulan mereka tidak akan dikira.[5]

Pengagihan

Satu pasukan daripada setiap balang berikut telah ditarik ke dalam setiap kumpulan.[6]

Kumpulan 1

Kumpulan 2

Nota pada situasi pemecah-seri:

• Zimbabwe dan Namibia adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.

Kumpulan 3

Nota pada situasi pemecah-seri:

• Angola dan Uganda adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.

Nota: Angola telah layak secara automatik sebagai tuan rumah Piala Negara-Negara Afrika 2010. Walau bagaimanapun, mereka tertakluk kepada peraturan yang sama seperti negara-negara lain untuk meneruskan ke peringkat seterusnya dalam kelayakan. Kegagalan untuk memajukan kumpulan ini menyingkirkan mereka dari kelayakan untuk Piala Dunia FIFA 2010.

Kumpulan 4

Nota pada situasi pemecah-seri:

• Afrika Selatan dan Sierra Leone adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.

Nota: Afrika Selatan telah layak secara automatik sebagai tuan rumah kepada Piala Dunia FIFA 2010. Walau bagaimanapun, mereka tertakluk kepada peraturan yang sama seperti negara-negara lain untuk meneruskan ke peringkat seterusnya dalam kelayakan. Kegagalan untuk memajukan kumpulan ini menyingkirkan mereka dari kelayakan untuk Piala Negara-Negara Afrika 2010.

Kumpulan 5

Nota pada situasi pemecah-seri:

• Ghana, Gabon dan Libya adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.

Kumpulan 6

Nota pada situasi pemecah-seri:

• Gambia dan Senegal adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.

Kumpulan 7

Pada 19 Mac 2008, FIFA mengumumkan penggantungan serta-merta pada Persekutuan Bola Sepak Madagaskar (FMF).[7] Penggantungan itu ditarik balik pada 19 Mei 2008.[8]

Kumpulan 8

Nota pada situasi pemecah-seri:

• Maghribi dan Rwanda adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.

Habsyah telah bermain empat perlawanan dalam kumpulan ini, sebelum FIFA mengumumkan penggantungan serta-merta pada Persekutuan Bola Sepak Habsyah (EFF) pada 29 Julai 2008.[9]Pada 12 September 2008, FIFA mengecualikan EFF dari kelayakan Piala Dunia 2010 dan keputusan perlawanan mereka telah dibatalkan.[10] Walaupun ia tidak jelas sama ada mereka juga jelas termasuk dalam Piala Negara-Negara Afrika 2010, kegagalan mereka untuk melengkapkan baki perlawanan menyingkirkan dengan berkesan mereka daripada kejohanan itu.

Kumpulan 9

Kumpulan 10

Nota pada situasi pemecah-seri:

• Sudan dan Congo adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.

Pada 28 Mac 2008, FIFA mengumumkan penggantungan serta-merta daripada Persekutuan Bola Sepak Chad (FTFA).[11] Penggantungan itu ditarik balik pada 7 Mei 2008.[12]

Chad telah dibatalkan daripada kelayakan Piala Negara-Negara Afrika 2010 selepas gagal muncul untuk perlawanan di tempat lawan menentang Sudan, walaupun ada jaminan keselamatan. Perlawanan itu kemudiannya dijadualkan semula. Hanya perlawanan antara Mali, Sudan dan Congo telah diambil kira bagi kelayakan pusingan kedua pusingan awal Piala Negara-Negara Afrika. Walau bagaimanapun, Chad masih mampu melayakkan diri ke Piala Dunia FIFA 2010.[13] Ini boleh membawa kepada komplikasi jika Chad telah mara ke pusingan seterusnya atau jika pengecualian Chad pemenang kumpulan sekarang dalam kedudukan kumpulan alternatif telah menghasilkan perbezaan dan memberi kesan pada kedudukan tempat kedua.

Untuk kelayakan Piala Negara-Negara Afrika:

Nota pada situasi pemecah-seri:

• Mali, Sudan dan Congo adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.

Kumpulan 11

Eritrea menarik diri dari pusingan kelayakan pada 25 Mac 2008 dan tidak diganti.[14]

Kumpulan 12

Kedudukan tempat kedua

Bersama-sama dengan 12 juara kumpulan, 8 kedudukan naib juara teratas turut mara ke pusingan ketiga. Kerana tidak semua kumpulan mengandungi jumlah pasukan yang sama, hanya keputusan menentang pasukan pertama dan ketiga diletakkan di dalam setiap kumpulan dikira.

Peraturan Kedudukan

1. Jumlah mata
2. Perbezaan gol
3. Jaringan gol
4. Jaringan gl tempat lawan
5. Play-off penentu di tempat berkecuali (jika perlu)